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如企业向关联方支付的利息超过同期金融机构的贷款利率，根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》的规定，向非金融企业借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额部分准予扣除。因此，超过同期金融机构贷款利率的利息不得在税前扣除。根据土地增值税的规定，不能提供金融机构证明的利息支出有限额，因此部分利息可能不得作为扣除项目。对于超过贷款期限的利息部分在计算土地增值税时亦不允许扣除。
对于企业未在约定的期限内进行土地开发而支付的土地闲置费，在计算企业所得税时，土地闲置费能否扣除，新的企业所得税法和原外资的税务规定未对此作相关规定，需向相关税务机关确认相关税务处理方法。该土地闲置费不属于按国家统一规定交纳的有关费用，因此穗，在计算土地增值税时不能从应税收入中扣除。
企业未按规定期限支付土地出让金而缴纳的滞纳金，在计算企业所得税时可能会被视为与取得收入无关的支出而不得扣除。另外，此滞纳金也不属于按国家统一规定交纳的有关费用，因此计算土地增值税时也不能从应税收入中扣除。
企业有时未对取得的预售收入进行确认和进行相关税务申报，根据规定，对预售收入，应按预计利润率计算出预计利润额，计入利润总额预缴企业所得税。根据规定，可对开发企业在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入预征土地增值税。对预售收入亦需缴纳增值税及其附加。
企业对于样板房的装修费用常计入营业费用，而不计入开发成本，造成开发成本减少。根据规定，开发企业建造的售房部(接待处)和样板房的装修费用，无论数额大小，均应计入其建造成本。但是，新的企业所得税法和原外资的税务规定未对此作相关规定，需向相关税务机关确认相关税务处理方法。在计算土地增值税时，对此费用能否扣除，暂无相关规定，需向相关税务机关确认相关税务处理方法。
所以笔者建议，企业可将样板房的装修费用作为开发成本核算，在计算企业所得税时开发成本是可全部税前扣除的，同时向主管税务机关确认土地增值税的处理方法。
无论销售收入或租金收入，企业都需要缴纳企业所得税，对企业最终的企业所得税企业纳税压力影响不大。但是，由于人防工程不可出售，交易的实质为出租，若确认为租金收入，按租赁期限来分期确认租金收入，在合同签订当年，租金对应的企业所得税企业纳税压力将相对低于确认销售收入所对应的企业所得税企业纳税压力。另外，若确认为销售收入，在计算土地增值税时，可能会被视作应税收入;而作为租金收入确认，则不需缴纳土地增值税。
所以笔者建议，企业应将买卖合同改为租赁合同，避免税务机关误征土地增值税和按房产销售来征收企业所得税。
在项目清算环节对一些与其它“期”共享的公共配套设施的建造费用，可能在该“期”进行清算时，仍未开始建造，企业会预提这部分费用。对这部分预提费用在计算企业所得税和土地增值税时一般不能扣除。我们了解到有些地方税务机关允许企业在结算时，按项目最终的实际情况再计缴土地增值税的实际企业纳税压力。
对于生产企业来说，存货是企业生产制造及销售过程中最主要的资源，在企业日常的生产经营中，不可避免要发生存货损失，在此对存货非正常损失有关会计处理问题对增值税的影响进行简单阐述。
下面通过举例来说明存货非正常损失不同的账务处理对于增值税的影响。
应交税费——应交增值税(销项税额) 11504应交税费——应交增值税(销项税额) 11504
通过上述账务处理对比，第二种会计处理方法与第一种会计处理方法少缴增值税11504万元。
自房地产行业进入高速发展阶段以来，国家出台了一系列政策对该行业进行产业引导和市场约束，房地产企业也逐渐成为社会经济增长的重要动力。但伴随着房地产企业投资规模扩张，涉及房地产开发项目的税收成本也越来越高。尤其在土地增值税方面，由于土地增值税贯穿项目开发全过程，计税过程相对复杂、专业性强，因而，加强土地增值税清算工作尤为重要。本文以营改增为环境背景，分析房地产公司开发项目土地增值税清算的方法与策略。